Durante la pretemporada 1995/96 el equipo está a punto de desaparecer debido a los problemas económicos, pero gracias a un grupo de cadistas encabezados por Antonio Muñoz Vera y Manuel García Fernández, camiseta valencia cf la entidad vuelve a manos gaditanas. La temporada siguiente, 71/72, resulta totalmente nefasta, pasando por el banquillo hasta tres entrenadores: García Andoain, Fernando Daucik y José Antonio Naya. El año siguiente, en su primera temporada en Primera, el Cádiz paga la novatada y desciende de categoría. En la campaña 2003/04, Cádiz de nuevo en Segunda División, realiza un buen campeonato asentándose en la categoría. En agosto de 1986 se consigue por segundo año consecutivo el Trofeo Carranza venciendo en la final al Real Betis por penaltis, real sociedad tienda tras empatar 1-1. En esta temporada se disputa la famosa campaña de los play-off. El 17 de mayo de 2013 el Atlético de Madrid disputó la final ante su eterno rival, el Real Madrid CF, en el Santiago Bernabéu.

En la temporada de 1975/76 el Athletic recuperó a Javier Irureta, proveniente del Atlético de Madrid. En la siguiente temporada 1988/89 se contrata los servicios del entrenador austríaco Helmut Senekowitsch, pronto destituido y sustituido luego por David Vidal. Por recomendación del periodista deportivo José María García, se contrata como entrenador a Enrique Mateos, exfutbolísta del Real Madrid y sin mucha experiencia en los banquillos. Fue su filosofía los proyectos a largo plazo, y por ello mantuvo como entrenador a José Luis Riera durante tres temporadas, y a Julio Vilariño le hizo un contrato por cinco temporadas de las cuales solo pudo cumplir cuatro. Gil, designa como nuevo Director General de la entidad a José Luis Fernández Garrosa. Irigoyen, que había sido nombrado Director General, tuvo sus más y sus menos con Jesús Gil y abandona la entidad. No es algo fácil, y menos en un club tan grande como este. De este modo se va el presidente de mayor permanencia en el cargo y el más laureado de la historia del Cádiz.

Europa en su historia, la sexta marca histórica diferencial del club y la mayor a los azulgranas, o la mayor victoria en un clásico para el equipo visitante. Es una ventaja contar con estos últimos, ya que el primer equipo puede hacer uso de ellos para preparar los encuentros frente a conjuntos que tengan campos de esta superficie y todo ello sin moverse de su hábitat natural. Ante la gran deuda que arrastra el club, las acciones se ponen a la venta, un gran paquete de acciones, más del cincuenta por ciento, lo adquiere el grupo madrileño Asesoramiento Deportivo Andaluz (ADA). El balón se coló entre las piernas de De Gea, que pudo hacer algo más, y devolvió las tablas al marcador. La verdad es que la camiseta es preciosa. Uniforme local: Camiseta amarilla, pantalón y medias azules. 67 años de historia de la primera división. En la temporada 1987/88, de la mano de Víctor Espárrago se obtiene la mejor clasificación de toda la historia del Cádiz CF en Primera División, duodécimo lugar en la tabla.

En la temporada 2019-20 compite en Segunda División B. Ocupa el 382.º puesto en la clasificación histórica de Segunda División B, con 0 partidos jugados y 0 puntos. El presidente, Francisco Márquez Veiga, solicitó a la prensa un plazo de confianza de una temporada para devolver el equipo a la Segunda División, y con León Lasa en el banquillo lo logró. En la temporada 1993/94, pese a partir como favorito, los resultados negativos se van sucediendo, así como los entrenadores por el banquillo. En la temporada 2009/10, el equipo gaditano se encontraba inmerso en 2ª División, siguiendo en el banquillo el artífice del ascenso, Javi Gracia. En la secretaría técnica también hay cambio siendo nombrado Alberto Benito, jugador del equipo hasta la temporada anterior. Varios hitos jalonan la larga carrera deportiva de José Antonio Reyes, muerto este sábado en accidente de tráfico, y todos apuntan algo sobre el jugador que fue, pero también del que pudo haber llegado a ser. «Felipe Reyes, el hombre récord de la Copa».

Pese al gran esfuerzo de su presidente, el equipo desciende a la Tercera División. Hasta cuatro técnicos intentaron enderezar el rumbo, pero el equipo se hunde en la Segunda División B, de la mano con el Real Burgos Club de Fútbol, que también desciende vertiginosamente dos años seguidos. Empezaba a brillar por esa época una nueva estrella rojiblanca que daría muchas alegrías al Athletic. Cabe destacar sin ambargo, que en la época no existía aún la rivalidad ni la dimensión de repercusión que adquirieron posteriormente los partidos entre ambos clubes, es más, entre ellos existía aún un clima de cordialidad. Los éxitos del otro Olympique, el de Lyon, motivaron una nueva rivalidad de relevancia para Marsella (Choc des Olympiques) y esto también desplazó la lucha contra los rojiblancos. Pese a descender a Segunda se mantuvo a Fernando Vázquez, quien logró ascender de nueva cuenta al equipo, quedando en segundo lugar, solo por detrás del debutante Éibar. El binomio Muñoz-García se rompe, en la temporada 1996/97 con la dimisión y la marcha del club del segundo.